百迈客产品总监刘敏专访:布局三代,坚信三代 ONT 将颠覆传统

2018-10-10 13:10 来源:丁香园 作者:丁香通
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「谢谢你们的云课堂,学到了很多生信知识和分析方法。」「4 年老用户,现场体验三代测序产品......」在刚刚结束的 2018 年 CSCO 现场,生物科技企业百迈客(北京百迈客生物科技有限公司)的展台前,不时迎来来自全国各地的「老朋友」。

作为一家深耕生物科技创新的企业,百迈客在国内拥有庞大的专业用户群和开发者用户群。2018 年 CSCO 会议期间,丁香园与百迈客公司产品总监刘敏,就公司发展历程、业务布局重点以及科研解决方案等一系列话题进行了访谈。

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据刘敏总监介绍,百迈客公司创立于 2009 年 5 月,自成立以来,公司致力于「打造生物科技创新中心,树立生物产业标志企业」的发展愿景,即将步入第十个年头。

三条跑道并行  重点关注医学科研 

丁香园了解到,基于高通量基因测序技术和生物信息技术,百迈客目前提供包括科研服务、医学基因检测和生物云平台三大业务版块的服务;其中,以科研服务为主要业务。

科研业务又分为医学科研和农学科研,数据显示,百迈客近年的科研业务发展迅速,几乎每年增速均高于市场平均增速;其中,农学科研领域尤其占据了较高的市场份额。2016 年 8 月、9 月,分别由中国农业科学院蔬菜花卉研究所和浙江大学蔬菜研究所联合百迈客攻关的芸薹属科研成果连登《Nature Genetics》,2018 年 7 月,由中山大学中山眼科中心眼科学国家重点实验室、中山大学中山医学院广东省脑功能与疾病重点实验室和第三军医大学西南眼科医院与北京百迈客合作的多组学研究文章发表在《Nature Communications》,展现了公司在推进产学研一体化进程中的实力。

生物样本和数据本身具有相当大的市场价值,而数据挖掘正是百迈客的强项。刘敏指出,科研用户的需求日益多样化、个性化、不断迭代,停留在标准分析的维度无法充分满足用户的需求。结合百迈客数万个项目经验,总结、提炼出规律和方法,并与云计算相结合,放到生物云平台上,能够帮助终端研究工作者进行自主可视化、交互式、一键式的基因大数据分析。

关于医学科研领域,百迈客也将重点布局,期望借此成为未来市场的一个新的增长点。「举个例子可能更好理解,科研工作者在项目研究过程中提出一万个问题,那么在进行个性化分析后,会发现真实问题量并没有一万个,可能其中只有 500 个非冗余的有效问题。或者经分析发现,前 50 个问题出现频次特别高,那么就可以按照频率高低,概括有共性的高频问题,往云上输出整合好的通用解决方案。」刘敏介绍到。

据了解,目前,百迈客生物云平台已有 100 余款分析小工具,涵盖基因分析、遗传进化、ncRNA、质控、组装、比对、数据提取等诸多功能,基本上能够覆盖 70%~80% 的用户分析需求。同时,它还具有整合、存储和管理基因大数据的功能,支持与业界同行开展安全、无缝的科研合作。

「为科研工作者服务,我们是认真的。」5 月底,作为国内唯一一家被邀请的基因科技公司,百迈客董事长郑洪坤获邀参加中国科学院、中国工程院院士大会,他用这句话表达了团队、公司的初心。

作科研工作者的智囊团,也是学生时代刘敏的心之向往。作为一名科研工作者,他深知路途中的艰辛,如果某种工具能带来效率提高、成本降低、数据的安全性和合规性,这些都有很大助力。2012 年,刚从西北农林科技大学毕业的刘敏,加入了当时刚成立三年的百迈客;「想找一个好的平台,做点实际事儿;没想到这一干就是六年。」六年的时间里,刘敏与公司共成长,从研发做起,到全面负责高通量基因测序相关产品的开发与优化升级工作;从研发工程师到科技服务事业部总监,不变的是为科研工作者服务的坚持。

不断精进  与 Oxford Nanopore 达成战略合作

就在刚刚过去的 8 月,百迈客与设计并销售全球唯一便携式 DNA / RNA 测序仪的英国牛津纳米孔科技公司达成战略合作。8 月 7 日,Oxford Nanopore 产品中通量最高的 PromethION(下文简称 ONP)平台抵达北京百迈客测序实验室。

截止目前,百迈客已拥有 Oxford Nanopore 的 MinION、GridION X5 和 PromethION 全套 Nanopore 测序仪,投资金额超 3 千万人民币。相比其他测序技术平台,ONP 不仅在设计上具备了实时、长读长、直接测序等特点;在 2018 年初,单张 ONP 测序芯片的数据产出超过 150 Gb。而实际上,使用临床样本、植物样本以及测试样本的用户也能够获得单张芯片 100 Gb 的产出,鉴于此,百迈客将基于该平台为客户提供商业测序服务。

「非常看好 ONP 的未来潜力,未来它甚至有可能颠覆传统的二代测序平台。」谈及这次合作,刘敏给出了今年即布局 ONP 的理由。「我们是去年就开始接触 Oxford Nanopore 的,当时引进了第一代平台,经过长期观察和使用,发现它的优势比较明显,主要体现在测序的实时性(周期短),不需要扩增;此外长度和通量成本也非常可观,基于我们现在的产量,一台大型的仪器能做到十万人的测序。」

丁香园了解到,从上游来说,提取 DNA 后,ONP 能一次性地把所有 DNA 信息及其甲基化等表观信息全部实时测序分析出来,而且成本大概是之前的十分之一;对于下游来说,很多复杂的疾病可能由一些大的结构变异导致,传统测序很难检测这种大的结构变异,而 ONP 能够很好的实现。因为这个平台的出现,为科研工作者带来更多的研究可能,他们能够在成本相对低的情况下,能覆盖很多之前研究所涉及不到的盲区。

对于行业的深入了解、对于科研工作者痛点的切身体会,让百迈客团队始终保持着敏感的嗅觉和前瞻性。「说斥巨资引进 Nanopore 全测序平台并不为过,未来可能还会有类似的动作,用户的需求日益更新,我们也需要不断精进。」刘敏告诉丁香园。

持续进步的企业发展观、在行业中的不俗表现,也让百迈客获得了资本市场的青睐——2014 年,获得由中国科学院控股有限公司(简称国科控股)作为基石投资人发起的国科嘉和基金数千万投资;2017 年 10 月,腾讯云宣布与百迈客战略合作,开放腾讯云计算、存储、人工智能等各项 IT 能力,助力生物基因行业发展。

多组学研究  致力提供强有力的技术支持与解决方案

不断发展的生命科学显示,生命比想象中复杂。即便科学家们已经基于单一组学的疾病研究,揭开了一些致病因子的面纱,但疾病的发生发展依然是一个复杂的过程和,诸多因素影响生命体征的改变。随着测序技术和分析方法的完善,多组学的方法逐渐获得关注。

刘敏介绍到,在多组学研究解决方案上,百迈客从成立至今,在功能基因挖掘方面进行了许多研究。从早期做简化基因组测序,到后期的公司规模做基因组、做表观、做转录、做蛋白代谢、做下游标记的验证和后期的转基因生物合成验证,构建了整个完善的科学研究体系。从最早的基因组到基因三维构象,从空间构象到表观修饰,从农学到医学,从假设到验证,百迈客都不遗余力地为研究人员提供强有力的技术支持。

「多组学研究其实是通过不同维度,来研究疾病的发生发展,将机理研究地更为透彻。基因或表观修饰发生了改变,才影响下游蛋白的表达改变,最终影响代谢。」 刘敏称,未来,某些疾病或将可能从基因维度进行早期新生儿检测,或者提前检测蛋白表达水平。另外,一旦疾病发生,通过研究代谢产物的变化,找到关联基因,倒推疾病类型并指导个性化药物治疗。不仅如此,结合大数据,将疾病发生机制研究得更为透彻,也可以帮助我们去对疾病进行筛查和监控,甚至是在未来设计开发靶标药物。

九年以来,百迈客一直秉承「生物科技创新服务社会、造福人民」的企业使命,持续为科研工作者们提供优质的基因科技服务,各种生物科研项目硕果累累。而在即将到来的第十年,相信百迈客将交付更加辉煌的答卷,让我们拭目以待。

编辑: 翟超男

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