华大基因肿瘤事业部总监张晓平专访:专注于国内基因数据库建设,致力于 BT+IT「真智能」

2018-09-25 18:38 来源:丁香园 作者:丁香通
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2018 年 9 月 19 日~9 月 23 日 ,第二十一届全国临床肿瘤学大会暨 2018 年 CSCO 学术年会于厦门国际会议中心如期举行,本届大会的主题为「全力推进临床研究,谱写抗癌治疗新篇章」。

会上,丁香园就大家关注的基因测序相关问题,对华大基因肿瘤事业部总监张晓平进行了专访。张晓平从基因测序的质量控制、到基因数据库建设、到未来发展畅想一一为我们做了精彩回答,现整理要点与大家共享。

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把握正确方向,提升质量控制

近年来,随着测序技术的快速成熟,和肿瘤临床研究的积累,肿瘤基因测序这一块已变得越来越火热。但是新事物的飞速发展,行业规范在逐步建立过程中,常出现产品良莠不齐的市场混乱局面。如不加强、加快行业规范建设,势必影响肿瘤基因检测行业的健康发展。

面对这种现象,张总从发展方向和质量控制这两点切入,为我们分享了宝贵经验,以期帮助相关机构、企业走到持续健康快速发展的轨道来。

其一,关于发展方向。

随着抗肿瘤机制研究的逐步深入,发现越来越多的抗肿瘤药物的靶点,相伴而生的这些作为肿瘤靶向用药的伴随诊断的需求就越来越多,原来只需要检测一个基因的几个位点到现在一个患者需要同时检测几个、几十个甚至几百个基因,原来的 PCR 检测技术和 Sanger 一代测序技术,早已不能满足临床日益增长的基因检测需求,在日新月异的肿瘤临床用药需求上,NGS(二代高通量测序技术)一次同时可以检测几百个甚至几万个基因,单基因的平均检测成本极低,这样 NGS 技术就显示出了明显的优势。

因此,每个肿瘤患者基因变异的不同决定了每个患者需要精准诊断,才能精准治疗,所以,需要为每一个肿瘤患者进行全面的基因检测,来帮助医生准确确定治疗方案。采用 NGS,利用大数据,从整体上全面评估才应是未来的核心。张总表示,「华大基因的布局也是基于这一点」。

其二,关于质量控制。

质量控制是在医学诊断服务当中的重要性不言而喻,但同样,大家也都明白质量控制的难度。因为把某一次的结果做得很准确相对容易,而如果能持续的把所有的样本的结果做的都准确、可靠,那就非常难了。这要靠一个非常严谨的质量体系去保持,而且这个质量体系是要长期的、有效的。

如何维持这一质量体系呢?对此,张总介绍了两点经验:第一,要建立完备的质量控制系统。因为要保证一个检测结果准确有效,从患者咨询开始,到采集样本,再到样本的运输保管以及检测,再到检测后的咨询这一整套的流程都需要一整套的质量控制系统来支持;第二,规范性很重要。以华大基因临床检验实验室为例,我们在基因测序领域里面是最早开始建立 NGS 的 ISO 质量控制系统和参加 NGS 国际室间质评项目的实验室,参考国际和国内的质量标准,很早就建立了非常完善的质量控制系统性的规范,上述整套流程里的每一个操作步骤都有严格的相关规范,形成受控的文件,操作人员严格遵守。

中国人肿瘤大数据数据库的建立是大势所趋

目前针对肿瘤患者的基因变异的解读数据库主要使用的是欧美人群的数据库,一方面因为肿瘤机制的研究欧美走得比较靠前,一方面肿瘤的创新药物的欧美国际大型制药企业投入大、研发成熟。而从欧美肺癌患者和中国肺癌患者的 EGFR 突变频率存在巨大差异开始,整个肿瘤届就深刻认识到中国肿瘤患者的基因变异情况和欧美人群不同。现在国家鼓励肿瘤创新疗法和创新药物的研发,只有积累起中国人自己的肿瘤大数据,才能更好地助推肿瘤创新疗法和创新药物的研发,造福我们中国的肿瘤患者

可以说是国内基因测序技术的深入发展,带动了医学研究者对疾病再认识的热潮,建立基因数据库已是大势所趋。但是,尽管基因测序成本在下降,基因数据库的建设和报告分析的门槛仍较高,仍是行业发展的一个极大制约。

针对这一问题,张总分享了华大基因在数据库建设方面的两点经验:其一,从技术到数据构建到数据解读甚至到后面的遗传咨询,从整个的体系建设一直到最后的应用,全都连接在一起,形成一整套的逻辑和规则;其二,从 DNA 到 RNA 到蛋白,甚至到病理、影像学,全都串在一起,为肿瘤的多维数据库来构建全面的诊断基础。

张总接着对自主肿瘤数据库进行解释道,「对于一些成熟的产品(比如肺癌和一些遗传性肿瘤领域),我们已经形成了自动化分析的软件来进行整个报告解读。」

未来发展目标:真智能

在我国当前来看,肿瘤基因检测在市场和技术上都属于高速发展的时期,未来发展前景也为业内所看好。据张总预测,该领域未来发展的方向无外乎以下几种:

首先,针对肿瘤的治疗方案,以免疫治疗为例,需要利用肿瘤基因检测技术来筛选对某一免疫治疗药物最敏感、最可能获益的人群,来施行个体化的精准治疗。

其次,针对肿瘤患者的病情监测,围绕临床工作开展肿瘤患者的用药和复发的监测。

再者,肿瘤的早筛。如果能在肿瘤早期(越早越好)就检测出来,那么患者的预后将得到极大的改善。肿瘤早筛应用中最关键的要求有三点,即:时间要快、效率要高、成本要低,这才能在临床上去应用。

此外,最值得畅想的一点恐怕要属大数据了。无论怎样,基因测序解决不了所有的临床问题,这是肯定的。因为单一的一个技术,解决临床问题的能力都是有限的。而利用大数据模型构建,通过机器人的学习来解决传统的这种通量问题或者是单一局限性问题还是有希望的。

正如张总畅想:「把 BT 和 IT 结合在一起,通过这种大数据模型形成精准的临床诊断、为医生治疗患者提供更精准的参考,我们称之为「真智能」,这肯定是一个非常明确的方向。」

可以预见,「真智能」将会大大提高传统的医疗方式的效率,解放医生的时间,减少医生常规重复性劳动,为患者带来福音,作为医疗领域业内的一份子,你准备好迎接这种冲击了吗?

华大.jpg张晓平
华大基因股份有限公司 肿瘤事业部总经理,深圳华大临床检验中心主任,深圳临床分子诊断工程实验室副主任,科技部生物产业专家库评审专家。从事临床实验诊断工作近20年,有丰富的临床实验室第三方管理经验。专业方向为分子生物学、分子免疫学及基因组学。主要从事基因组学新技术临床转化应用,参与组织多项新一代测序技术临床产品开发与应用。

主要方向为肿瘤多组学临床转化应用,包括基于外周血游离DNA肿瘤突变基因早期筛查、用药指导及预后监测的推广应用;具有丰富的跨组学联合实验室组织、建设、及运营管理经验。主导并完成广东省科技厅、计生委多项课题,发表包括SCI在内论文30余篇。

编辑: 翟超男

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