云平台解决方案应用于流感监控

2016-11-14 14:36 来源:丁香园 作者:
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演讲课件点击下载 | 赵翔:云平台解决方案应用于流感监控

中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所,国家流感中心测序平台负责人赵翔发表了《云平台解决方案应用于流感监控》的主题演讲,介绍了中国流感监控网络的规模和主要工作,目前流感监控网络已经建立了基于荧光定量 PCR 技术平台的从国家级、省级到市级的成熟监控网络,尤其在应对 H1N1 和 H7N9 的疫情中所做出的出色工作, 得到了世卫组织所给予的高度肯定。同时介绍了高通量测序技术被应用于流感的监控工作中,国家疾控中心利用 Ion 测序平台对流感病毒进行全基因组测序在 H10N8 和 H5N6 的事件中发挥了重要作用。

赵翔强调了国家流感中心自从建设了深度测序的能力,目前可以实现 24 小时之内完成流感病毒全基因组测序及未知样本宏基因组测病原谱筛查,测序病毒的数量提升 10 倍,测序成本下降 10 倍,SNP 检测灵敏度提升至 1%-5%。

迅速增加的数据量带来了数据分析的问题,高通量测序的数据分析面临着多种的分析软件如何选择、分析流程中多软件难以衔接、软件资源差异大、缺少生物信息学人员等问题。对于这些问题,赵翔给出了新的解决思路,专业的事情交给专业的人,分而治之,化繁为简,即云计算的方案。云计算具有许多优势,无限存储,可扩展的计算能力,定制化分析算法,随时随地跨区域访问,操作安全可靠,直观的用户体验以及自动化上传及分析。利用云计算这些优势,国家流感中心搭建了流感监控的云平台 FluCloud 系统,赵翔展示了 FluCloud 系统从建立分析流程、上传文件、查询结果、下载分析结果到资源统计的整个过程。利用 FluCloud ,各省级、市级疾控系统可以直接上传测序数据,得到拼接及通过各种维度分析的流感数据,无需任何生物信息经验,这样也有利用国家流感中心更系统和标准化管理全国流感数据。

报告中,赵翔还分享了其他利用高通量测序技术发现未知病原体的实例,也提出了未来疾控现场检测设备的发展趋势,趋于更便捷、更简单、更快速。

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编辑: 齐梦霞

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