2. 支气管内膜结核 在国内，以咳嗽为主要症状的支气管结核并不少见，2005版指南首次将支气管结核纳入慢性咳嗽病因。当时采用“支气管内膜结核”是因为临床医师对该名称“耳熟能详”。但实际上，支气管并无“内膜”这一解剖结构。因此，2009版指南摒弃了这个不规范的术语，用“气管-支气管结核”取而代之。
3. 咳嗽变异型哮喘 鉴于目前国内文献对“cough variant asthma”的译法尚未统一，采用“咳嗽变异型哮喘”或“咳嗽变异性哮喘”者均有，2009版指南统一称为“咳嗽变异性哮喘”。
4 急性咳嗽的诊断与治疗
2005版指南的急性咳嗽部分主要阐述了普通感冒的诊断与治疗。因为急性气管-支气管炎亦是急性咳嗽的一个常见病因，因此2009版指南增加了这一内容。
急性气管-支气管炎是由于生物性或非生物性因素引起的气管-支气管黏膜的急性炎症。病毒感染是最常见的病因，但常继发细菌感染。冷空气、粉尘及刺激性气体也可引起此病。起病初期常有上呼吸道感染症状，随后咳嗽日渐加剧，伴或不伴咳痰，伴细菌感染者常咳黄脓痰。
急性气管-支气管炎常呈自限性，咳嗽、咳痰一般持续2～3周。X线检查无明显异常或仅有肺纹理增粗。听诊可闻及双肺呼吸音粗，有时可闻及湿性或干性音。诊断主要依据临床表现，要注意与流感、肺炎、肺结核、百日咳、急性扁桃体炎等疾病鉴别。治疗原则以对症处理为主。剧烈干咳者可适当应用镇咳剂，咳嗽有痰而不易咳出，可用祛痰药。如有细菌感染，如咳脓性痰或外周血白细胞计数增加，可依据感染的病原体及药物敏感试验选择抗菌药物。在未得到病原菌阳性结果之前，可选用大环内酯类、-内酰胺类等口服抗菌药物。伴支气管痉挛时可使用支气管舒张药物治疗。
在2009版指南修订过程中，有专家建议增加亚急性支气管炎的内容。理论上讲，既然有急性气管-支气管炎和慢性支气管炎，就应该存在介于两者之间的亚急性支气管炎，临床上亦可见到这类病人。但目前国内外对亚急性支气管炎的定义、诊断与治疗均无明确的内容，因此最后未将亚急性支气管炎写入指南。
5 诊断程序
2009年指南的慢性咳嗽病因诊断程序结构基本与2005版相同，只在局部做了一点改动。因为咳嗽变异性哮喘与嗜酸粒细胞性支气管炎为慢性咳嗽的常见病因，2005版指南将通气功能+气道高反应性与诱导痰细胞学检查并列为一线检查。考虑到一些医院尚未开展诱导痰检查，2009版指南提供了另一诊断途径，就是让患者先接受通气功能+气道高反应性检查，如气道高反应性阴性，再进行诱导痰检查。2009版指南的另一个变化是在诊断程序中亦将诊断性治疗（经验治疗）作为一种选择。
另外，根据国内诱导痰细胞分类的正常值，嗜酸粒细胞性支气管炎的诱导痰细胞学检查诊断标准由原来的嗜酸粒细胞 占3%，改为 2.5％。
6 祛痰药物
临床上祛痰药物种类繁多，这些药物很多缺乏循证医学证据，但考虑到临床应用普遍，一些药物也确实有一定效果，因此2009版指南对比较常用的祛痰药物进行了介绍，这此药物主要包括：愈创木酚甘油醚、氨溴索、溴已新、乙酰半胱氨酸、羧甲司坦等。高渗盐水及甘露醇可提高气道黏液分泌的水合作用，改善黏液的生物流变学，从而促进黏液清除。
7 经验治疗
目前我国一些基层医院设备和技术条件不足，有些患者因经济条件有限或其他原因不能进行相关检查，对这些患者可先进行经验性治疗。
为了提高经验治疗的成功率，指南提出了6条原则。
1.针对慢性咳嗽的常见病因进行治疗。国内外研究显示，慢性咳嗽的常见病因为咳嗽变异性哮喘（CVA）、上气道咳嗽综合征（UACS）/鼻后滴流综合征（PNDS）、嗜酸粒细胞性支气管炎（EB）和胃食管反流性咳嗽（GERC）等。
2.根据病史推测可能的慢性咳嗽病因。如患者的主要表现为夜间刺激性咳嗽，则可先按CVA进行治疗；咳嗽伴有明显反酸、嗳气、烧心者则考虑GERC的治疗；如感冒后继发咳嗽迁延不愈，则可按感染后咳嗽进行处理。有鼻咽部疾病史者，咳嗽伴流涕、鼻塞、鼻痒、频繁清喉、鼻后滴流感者，可先按UACS/PNDS进行治疗。
